食用菌的原種、栽培種接種后萌發不正常主要表現為兩種情況，一是不萌發或萌發緩慢；二是萌發出的菌絲纖細無力，擴展緩慢。其發生原因的分析思路：培養溫度→培養基含水量→培養基原料質量→滅菌過程及效果→母種/原種。對于接種物不萌發、或萌發緩慢、或擴展緩慢來說，這幾個方面的因素必有其一，甚至可能多個因子共同影響。
一、培養溫度過高或過低
培養溫度過高或過低會造成接種物不萌發、萌發遲緩、生長緩慢。
二、含水量過高或過低
盡管拌料時加水充足，但由于拌料不均勻，造成培養基含水量的差異，含水量過高或過低的菌種瓶（袋）接種物萌發緩慢
三、培養基原料霉變
正處霉變期的原料中含有大量有害物質，這些物質耐熱性極強，在高溫下不易分解變性，甚至在高壓高溫滅菌后仍然保留其毒性，接種后菌種不萌發。具體確定方法是將培養基和接種塊取出，分別置于PDA培養基斜面上，于適宜溫度下培養，若不見任何雜菌長出，而接種塊萌發、生長，即可確定為這一因素。
四、滅菌不徹底
培養基內留有大量細菌，而不是真菌。培養基中殘留和繼續繁殖增加的細菌，多數情況下無肉眼可見的菌落，有時在含水量過大的瓶（袋）壁上，在培養基的顆粒間可見到灰白色的菌膜。多數食用菌在有細菌存在的基質中不能萌發和正常生長。具體檢驗方法如下：在無菌條件下取出菌種和培養料，接種于PDA斜面上，于適溫條件下培養，24-28小時后檢查，在接種物和培養料周圍都有細菌菌落長出。
五、母種（原種）菌齡過長
菌種生產者應使用菌齡適當的母種，多種食用菌母種使用最佳菌齡都在長滿斜面后1-5天，栽培種生產使用原種的最佳菌齡在長滿瓶（袋）14天之內。在計劃周密的情況下，母種和原種生產、原種和栽培種的生產緊密銜接是完全可行的。若母種長滿斜面后一周內不能使用，要及早置于4-6℃環境中保存。
